mboost-dp1

FoldIt Team/University of Washington

Computerspil hjælper med at finde proteiners struktur

- Via Science Magazine - , redigeret af Pernicious

Mennesker kan matche og endda overgå en supercomputers evner ved at spille et simpelt computerspil kaldet FoldIt. Spillet går ud på at forudsige den tredimensionelle struktur af et protein, men er mere effektivt end programmet [email protected], som har samme formål.

Et normalt protein kan i teorien foldes på flere måder, end der findes partikler i universet. Derfor fokuserer programmerne på, hvilke muligheder som kræver mindst energi, og som det dermed er mest sandsynligt, at proteinet vil bruge. Selvom computerprogrammerne er gode til at forudsige de første 95 % af strukturen, giver de sidste 5 % ofte problemer.
David Baker, en molekylærbiolog fra University of Washington, som har udviklet et af programmerne, fik ofte e-mails fra frustrerede brugere, som var irriterede over programmets problemer, da løsningen tit var nem at se for det menneskelige øje.

Derfor fik Baker, med lidt hjælp, udviklet spillet FoldIt, hvor brugere kan strække, ryste og trække en 3D-model af et protein. Brugeren scorer flere point, jo mindre den samlede energi for proteinet bliver.
For at evaluere metoden med “menneskelige computere”, lod Baker brugerne folde 10 proteiner, som han kendte svaret på, og sammenlignende derefter med computerprogrammerne. I 5 ud af de 10 tilfælde var brugernes resultater tættere på svaret, og herudover mere præcise.

FoldIt er blevet downloadet over 100.000 gange siden maj 2008, og holdet bag undersøger nu de bedste spilleres teknikker i håb om at lære dem videre til computerne.





Gå til bund
Gravatar #1 - HerrMansen
8. aug. 2010 10:49
Fed idé. :)
Gravatar #2 - f-style
8. aug. 2010 10:54
Se det er jo direkte et lærerigt og anvendeligt spil, hvor nytten rent faktisk kan komme alle mennesker til gode på længere sigt :).
Gravatar #3 - ruvald
8. aug. 2010 11:10
f-style (2) skrev:
Se det er jo direkte et lærerigt og anvendeligt spil, hvor nytten rent faktisk kan komme alle mennesker til gode på længere sigt :).


Præcis: Normalt er spil ellers et egocentrisk spild af tid.
Gravatar #4 - DutchMonkey
8. aug. 2010 11:16
Kom til at tænkt på denne video da jeg læste denne artikel.

http://www.youtube.com/user/TEDtalksDirector#p/sea...
Gravatar #5 - noobie
8. aug. 2010 11:26
Så skal det bare på facebook så det kan blive lige på populært som Bejeweled, Farmville og alle de andre totalt ligegyldige spil der ligger der.. så kan det være at der kommer noget nytte ud af den site :P
Gravatar #6 - Cryonics
8. aug. 2010 12:14
BOOM HEADSHOT!

nåja og fed ide men jeg holder mig til noget der faktisk er sjovt
Gravatar #7 - Bean
8. aug. 2010 12:24
Hvis spillet's pointe er at man finder nye ideelle måder at konstruere disse proteiner, hvorfor får man så ikke en computer til at bruteforce alle løsninger, ind til man finder den bedste?

Hvis et menneske kan gøre det ved trial and error, kan en computer også gøre det, men meget hurtigere.
Gravatar #8 - apkat
8. aug. 2010 12:28
#7, lulwut, var jo netop pointen det var langsommere med bruteforce?
Gravatar #9 - Rapsac
8. aug. 2010 12:30
#7: Jeg citerer nyheden:

"Et normalt protein kan i teorien foldes på flere måder, end der findes partikler i universet."

GL Brute-forcing ;)
Gravatar #10 - mech0z
8. aug. 2010 12:48
ruvald (3) skrev:
Præcis: Normalt er spil ellers et egocentrisk spild af tid.


Hvis et spil 7 kabale hjælper en operationslæge i hans pause med at stresse af så han bedre kan udføre den næste operation mere roligt så vil jeg ikke kalde det spild af tid.
Gravatar #11 - Bean
8. aug. 2010 13:53
Rapsac (9) skrev:
#7: Jeg citerer nyheden:

"Et normalt protein kan i teorien foldes på flere måder, end der findes partikler i universet."

GL Brute-forcing ;)


Du må stadig ende op med x-antal stadier der er "bedre end de andre" og på den måde finde frem til de 1-3% eller hvor mange det er, der er den bedste og mest sandsynlige måde.
Har du aldrig haft om toppunkter i funktioner, når du skal finde den mest optimale løsning til en matematisk opgave, på skolebænken? :P
Gravatar #12 - ninghen
8. aug. 2010 14:25
Bean (11) skrev:
Rapsac (9) skrev:
#7: Jeg citerer nyheden:

"Et normalt protein kan i teorien foldes på flere måder, end der findes partikler i universet."

GL Brute-forcing ;)


Du må stadig ende op med x-antal stadier der er "bedre end de andre" og på den måde finde frem til de 1-3% eller hvor mange det er, der er den bedste og mest sandsynlige måde.
Har du aldrig haft om toppunkter i funktioner, når du skal finde den mest optimale løsning til en matematisk opgave, på skolebænken? :P


Hvis du har haft dansk i skolen vil du også hurtigt ved brug af dette fantastiske værktøj kunne konkludere, udfra artiklen, at [email protected] netop bruger algoritmer til at bruteforce sig frem til løsninger, men kommer i vanskeligheder når den skal "folde" proteinet de sidste 5%. Her har det vist sig at mennesket kan korrigere de sidste 5% hurtigere og mere effektivt end computerne ved brug af Foldit "spillet"... :P...
Gravatar #13 - Rapsac
8. aug. 2010 15:25
Bean (11) skrev:
Du må stadig ende op med x-antal stadier der er "bedre end de andre" og på den måde finde frem til de 1-3% eller hvor mange det er, der er den bedste og mest sandsynlige måde.
Har du aldrig haft om toppunkter i funktioner, når du skal finde den mest optimale løsning til en matematisk opgave, på skolebænken? :P

Jeg har haft mere om toppunkter i funktioner end du aner. Men har du haft matematik på et højt nok niveau, så har du også opdaget at til nogle opgaver er den menneskelige hjerne simpelthen klogere, smartere og hurtigere end diverse lommeregnere og ingeniørværktøjer.

Forskerne vil nu gennem analyse af den menneskelige hjernes fremgangsmetode finde de mest optimale metoder, hvorpå proteinerne kan foldes.

Derudover, hvis det var så nemt som du antager, tror du så ikke de havde tænkt over det?
Gravatar #14 - apkat
8. aug. 2010 15:36
SE PÅ MIG SE PÅ MIG. JEG ER KLOGERE END JER ALLE SAMMEN OG HAR HAFT MATEMATIK PÅ ET MEGET HØJERE NIVEAU SE MIG SE MIG!!!

hold nu kæft. Kan i ikke læse artiklen eller hvad?
Gravatar #15 - Rapsac
8. aug. 2010 15:40
#14 hey hva så
Gravatar #16 - Cloud02
8. aug. 2010 16:30
Bean (11) skrev:
mest optimale

Rapsac (13) skrev:
mest optimale

fail
Gravatar #17 - Rapsac
8. aug. 2010 16:48
Ja, mega fail .... ?
Gravatar #18 - ruvald
8. aug. 2010 17:16
mech0z (10) skrev:
Hvis et spil 7 kabale hjælper en operationslæge i hans pause med at stresse af ...


Ih ja, jeg kender mange 'operationslæger' (aka kiruger) som lige tager et spil solitare i deres pause. Nej vel?

Men helt ærligt, læger er uddannede: Hvilket rationelt menneske vil nogensinde spille solitare?

Det første jeg gør på en ny OS-installation, er at fjerne de spil der følger med per default.

Typisk udgør spil en komplet mangel på noget konstruktivt - overhovedet. Men spil du gerne indtil din hjerne bliver en indtørret grøntsag. :)
TV er i det mindste lærerigt.
Gravatar #19 - Rapsac
8. aug. 2010 17:20
ruvald (18) skrev:
Ih ja, jeg kender mange 'operationslæger' (aka kiruger) som lige tager et spil solitare i deres pause. Nej vel?

Men helt ærligt, læger er uddannede: Hvilket rationelt menneske vil nogensinde spille solitare?

Det første jeg gør på en ny OS-installation, er at fjerne de spil der følger med per default.

Spil udgør en komplet mangel på noget konstruktivt - overhovedet. Men spil du gerne indtil din hjerne bliver en indtørret grøntsag. :)
TV er i det mindste lærerigt.

Jeg kender da et par højtstillede direktører der af og til slapper af til noget Peggle, Sudoku eller 7-kabale..
Gravatar #20 - Holger_dk
8. aug. 2010 17:37
Fed idé og egentligt vildt nok at vi menneske "kan se det".

Men det er det samme som i ansigts og mønster genkending...

f.eks. hvor svært det er for en computer at finde en selvstændig genstand i et billede, men hvor nemt det er for et menneske
Gravatar #21 - fastwrite1
8. aug. 2010 20:17
Ikke for at være pessimist eller gøre det hele nederen, men ifølge New York Times har forskere anslået at det i forbindelse med et protein af gennemsnitsstørrelse bestående af 100 aminosyrer ville tage 1 milliard trillioner år at løse, eller et 10 tal bestående af 27 nuller.


Det er vores krop heldigvis ikke klar over.. Den danner en kæde på 20 aminosyrer på ét sekund!

Godt gået krop....
Gravatar #22 - T_A
8. aug. 2010 22:07
#21

Har du et link til det ?
Men så stort et tal lyder det mere som at "lave" alle mulige variationer af et protein bestående af 100 aminosyrer.

Altså hvis du skal lave et protein der har helt unikke egenskaber og skal brute-force alle muligheder for at finde det.
Gravatar #23 - Emmoss65
8. aug. 2010 22:56
min bror sidder netop og arbejder med sådan noget her(forudsigelse af proteinfoldninger... ?), og viste mig også dette program da det udkom, heh. rigtig fed idé!
Gå til top

Opret dig som bruger i dag

Det er gratis, og du binder dig ikke til noget.

Når du er oprettet som bruger, får du adgang til en lang række af sidens andre muligheder, såsom at udforme siden efter eget ønske og deltage i diskussionerne.

Opret Bruger Login