Seneste nyt fra F@H fronten

11-12-2006

Nuværende placering: 38

Så fik vi rundet de 20 millioner point, det skete lidt tidligere på måneden. En stor tak til alle jer der har været med til at gøre dette muligt.

Stanford universitet har publiceret en rapport der er resultatet af f@h, pressemeddelelsen kan læses her.

Forsker og leder af f@h projektet Vijay Pande, har ved en konference snakket om projektet under overskriften "Folding@Home: Can a grid of 100,000 CPUs tackle fundamental barriers in molecular simulation?". Den godt 1 time lange tale kan ses her.

newz.dk's Folding@Home hold har sit eget forum her.

Milepæle

Hvad er Folding@Home

Velkommen

Hvis du er ny til Folding@Home og det at folde proteiner, kommer her en hurtig forklaring på hvad det går ud på.

Proteiner er bestemmene for en lang række biologiske processer i vores krop. Det drejer sig om almindelige gavnlige ting, men også ondartede som flere forskellige sygdomme, f.eks. Alzheimers.

Så ved at forstå hvordan de virker, kan der opnås videnskabelige gennembrud, der kan hjælpe til med at forklare processerne, så man f.eks. kan lave bedre medicin. Proteiner er meget komplekse og beregningerne som foretages via dette projekt, simulerer dem helt ned på det atomare niveau.

Derfor er det også en uhyre krævende opgave at beregne de foldninger et protein kan lave, en opgave som selv store supercomputere vil bruge meget lang tid på at løse. Sådanne computere er ikke billige, så det er her at F@H projektet viser sin styrke.

Ved at donere sin overskuds computer kraft (CPU-tid), kan man være med til at løse disse komplekse opgaver. Som det kan anes, er projektet ikke noget der er overstået på en dag eller en uge. F@H har eksisteret i 4 år og der er opgaver nok til flere år ud i fremtiden. Jo flere der er med til at hjælpe jo hurtigre og mere sandsynligt er det at forskerne bag projektet når frem til gavnlige resultater, så det er bare med at komme i gang.

//Pernicious

newz.dk og F@H

newz.dk begyndte at folde proteiner lige så stille i starten af December 2003, hvor GandalfTheWhite oprettede holdet på F@Hs hjemmeside, hold nr. 34688. I starten af Februar 2004 var der 9 personer på holdet, og vi var på det tidspunkt ved at nå top 2000.

En uge senere var vi oppe i top 1600 og efter yderligere en uge, og med deltagerantallet oppe på 18, var vi ved at nå top 1200. Så besluttede admins at vi ville skrive en 'nyhed' om holdet, og så skete der ting og sager.

Allerede dagen efter var top 1000 nået og en lille uge senere er holdet oppe på over 250 medlemmer. Med den eksplosive vækst på holdet, er newz.dk røget op af ranglisten i raketfart, og er i skrivende stund (27/02/2004) nået ind i top 500.

Efter den overvældene deltagelse på newz's F@H hold, syntes vi at der skulle være et samlingspunkt for medlemmerne.

Der har været en del snak i de to oprindelige tråde her på newz, som har været i forbindelse med Folding@Home, og der er kommet mange spørgsmål, mange svar, og mange hjælpene links.

Denne side vil prøve at sammenfatte hvad der er skrevet, så man hurtigt kan finde hjælp til de spørgsmål man måtte have. Det være sig spørgsmål om hvordan man kommer igang, til hvordan man får en klient til at køre som en service på en quad-cpu server.

Føler man at der mangler nogle svar så sig endelig til, siderne her vil løbene blive opdateret med nye svar, tips og tricks.

FAQ

FAQ'en vil snarest blive opdateret, så den refererer til v5.0 klienten.

Hvordan kommer jeg med på newz.dk holdet?
Hent den ønskede klient fra Stanford universistetes hjemmeside, den finder du her. Under afviklingen af den klient man har valgt at bruge, skal man angive det hold-nummer man ønsker at støtte, for newz.dk er det: 34688.

Jeg har sat min computer til at folde proteiner, men jeg kan ikke finde mit navn på newz.dk hold-siden.
Vær tålmodig, man vil først komme på siden første gang ens computer afleverer en WorkUnit (WU). Afhængig af hvilken WU du har modtaget, og hvor hurtig ens computer er, kan dette tage fra få timer til et par dage.

Du skal også gerne have valgt et brugernavn som ikke er anvendt i forvejen, alle navne der er registreret kan findes her, samt naturligvis angive hold nummer 34688, som det hold du ønsker at støtte.

Hvor lang tid tager det om at lave en WU færdig?
Der findes mange forskellige WU'er, der kan variere meget i kompleksitet. Det er derfor svært at oplyse hvor længe det vil tage at frædiggøre en WU. Desuden er tiden naturligvis også afhænig af hvor hurtig ens computer er, og hvor mange procent af CPU-tiden programmet må bruge (standard er 100% af idle tiden).

Koster det noget at være med?
Det er gratis at være med til at folde proteiner, dog skal man være opmærksom på at ens CPU vil arbejde under konstant fuld belastning (ved standard indstillinger), så det kan koste lidt i ekstra strømforbrug.

Hvilken Windows klient er den bedste?
Dette svar er baseret på egne erfaringer og hvad jeg ellers har kunnet læse på nettet. Console udgaven må siges at være den bedste, og efter alt at dømme også den mest stabile. Desuden har Console udgaven en række funktioner som ikke findes i de andre. Det er muligheden for at køre på multi-cpu systemer og muligheden for at køre som en service.

Kan klienten køre som en service?
Ja der findes flere metoder til at køre klienten som en service, den nemmeste er at benytte en pakke fra bluetentacle.co.uk der ordner alle nødvendige opsætninger. "Service Installer Package" kan hentes til GUI klienten og consol klienten her. Som en bonus kan denne pakke også meget nemt opsætte F@H klienten til en multi-CPU computer, ønsker man dog at gøre dette manuelt, så se nedestående beskrivelse.

Hvordan udnytter jeg min multi-CPU maskine?
Der er ikke indbygget direkte support for computere/servere med flere CPU'er, men det er muligt med lidt 'håndarbejde'.

For hver CPU opretter man sin egen folder, med hver sin kopi af FAH4console.exe.
Start med at køre programmet med argumentet: -configonly
Indtast navn/nick og holdnummer, og vælg ellers standard opsætning, til du bliver spurgt om advanced options, vælg yes.
Vælg client-type til: fah.
Vælg standard svar indtil du bliver spurgt om MachineID.
For fah4console i den ene folder vælges 1, i den anden 2, har man flere CPU'er vælges 3 osv.
Klienten er nu konfigureret og skal startes med argumentet: -local.
I taskmanageren kan man nu sætte affinity, så programmerne benytter hver deres CPU.

Hjælp, jeg får en fejl
Klienterne kan returnere flere forskellige fejl:
EARLY_UNIT_END
FILE_IO_ERROR
CLIENT_DIED
UNKNOWN_ERROR
Client-Core Communications Error
BAD_FRAME_CHECKSUM
SPECIAL_EXIT
Hvad disse betyder og hvordan man kan undgå dem, kan læses i dette udemærket forum-indlæg (er på engelsk).

Jeg har flere computere der folder, men det ser ud til at de folder den samme WU?
Der er ikke noget i vejen for at du har flere computere/CPU'er der arbejder på det samme protein, da hver WU der bliver sendt ud af det pågældende protein, har forskellige parametre. F.eks. temperatur, hvor langt i 'folding'-processen den er nået m.m.

Der bliver kun sendt dubletter af WUs ud i det tilfælde, at en WU ikke er blevet returneret indenfor tidsfristen.

Tips og tricks

Lige nu vil denne sektion hovedsageligt omhandle Windows klienterne. Har du nogle gode tips til en af de andre klienter så skriv ind til os med dem, og de vil komme med på siden.

Til Windows findes der tre forskellige klienter, en GUI (grafisk brugeroverflade) udgave, en screensaver, og en tekstbaseret version. Alle tre bygger på den samme kerne, men der er en smule forskel på dem, især console udgaven.

Der er flere ting man kan gøre, for at optimere udbyttet af klienterne, nogle er specifikke for den enkelte klient andre mere generelle, jeg tager sidstenævnte først.

Indstillinger på din computer.
Sørg for at din computer ikke står til at benytte nogen form for standby funktion, ligesom evt. dvale tilstand skal slås fra. Benytter man ikke screensaver-klienten, så slå hvad du måtte have af screensaver fra. Skal du have noget på, så benyt den for strømstyring/power management.

Minimér brugen af andre programmer du måtte have kørende der kan tage processor-tid. Undlad dog at lukke så meget ned, at du synes det er irriterende at have din f@h-klient kørende, det er jo ikke meningen :) Check evt. dit system for Ad- og Spyware, ud over at det er irriterende at have, så kan de tage systemressourcer.

Sørg altid for at have den nyeste version af klienten, den seneste er version 5.0.3 Kommer der en ny version, vil det blive nævnt på denne side.

Optimale indstillinger for klienterne.
Den grafiske klients opsætning ændres ved at højreklikke på det lille røde symbol for F@H og vælge 'Configure'. Der dukker nu tre faneblade op, hvoraf den første er User, så Connection og tilsidst Advanced.

På 'User'-fanebladet angiver man sit navn/nick og 'Team number' sættes naturligvis til 34688 for newz.dk. Ellers er det 'Advanced'-fanebladet der er interessant, for her skal der laves et par vigtige ændringer.

Fravælg punktet "Logos enabled", det er der ingen grund til at bruge tid på, og sørg for at "Core Priority" er sat til "Lowest possible". Det gør at din klient kun benytter fri CPU tid, og det er dermed muligt at have klienten kørende konstant, uden at det synderligt påvirker hvad man ellers måtte lave ved computeren. Feltet for "Disable highly optimzed assembly code" må ikke være afkrydset.

Det næste og vigtigste er at bestemme hvilket project din klient skal arbejde på, her vælges "Folding@Home" da det jo er det holdet støtter. Hermed skulle din grafiske klient have den bedst mulige opsætning

Console udgaven regnes for at være den mest stabile af de tre versioner, og kan også benyttes hvis man har en multi-CPU computer/server, hvordan det lader sig gøre kan du læse i FAQ'en.

Klienten kan benytte en række argumenter/options, som man kan se hvis man i en DOS-prompt skriver "fah4console.exe /?". En nærmere beskrivelse af hvad de enkelte argumenter betyder kan læses på F@H's hjemmeside her. Vi vil koncentrere os om en række af disse, men først skal vi have konfigureret klienten.

Åben en DOS-prompt og skift til den folder hvor du har placeret klienten, og starten den med argumentet "-configonly" dvs. "fah4console.exe -configonly". Konfigurationen af klienten går nu i gang, og det første man bliver spurgt om er sit navn/nick.

Efter at have skrevet sit navn, skal hold-nummeret indtastes som jo er 34688 for newz.dk. De næste 3 punkter efterlades med standard opsætningerne.

Når punktet "Change advanced options" dukker op, svarer man 'yes' for ændre dem. Det første punkt der herfefter kommer, er "Client type, denne skal sættes til 'fah', så alt arbejde klienten laver, går til at støtte Folding@Home.

De resterende punkter efterlades til standard opsætningen, dog skal du være opmærksom på det sidste punkt "Machine ID" hvis du benytter en HyperThreaded CPU eller har flere CPUer. Hvad der skal gøres her, kan du læse i FAQ'en for multi-CPU opsætning.

Console klienten er nu konfigureret og kan startes, men for at få den optimale ydelse, er det vigtig at starte den med en række argumenter/options. Det drejer sig om "-forceasm", "-forceSSE" og "-advmethods".

"-forceasm" tvinger klienten til at benytte optimeringer lavet til SSE SSE2 og 3Dnow. SSEx er instruktionssæt der findes i Pentium 3 og 4 og 3DNow findes i AMDs Athlon processorer.

"-forceSSE" minder meget om den anden, men er beregnet til de nyere Athlon kerner, f.eks. Barton, der kan håndtere SSE instruktioner. Normalt vil fah-coren benytte 3DNow, men kan med denn switch tvinges til at benytte SSE, den har altså ingen effekt for Intel processorer.

"-advmethods" vil få klienten til at forespørge Stanford serverne om de nyere Gromacs workunits, frem for de ældre Tinker units. Er der ikke nogle Gromacs units vil man dog blive tildelt en Tinker unit alligevel.

Console klienten bør derfor startes op således:
"fah4console.exe -forceasm -forceSSE -advmethods". Vil man benytte klienten som en service eller med flere CPU'er skal der tilføjes henholdsvis "-service" og "-local" argumentet, men det kan du læse mere om i FAQ'en.

Nyttige links

F@H:
Officiel hjemmeside
Folding@Home's egen FAQ side.
Point oversigt for WorkUnits.
Oversigt over alle projekter.

Statestik-sider for newz.dk holdet:
Stanford University (officel F@H stats side).
Stanford University - Faststats.
Extreme Overclocking - Team summary.
Extreme Overclocking - newz.dk member stats.
Extreme Overclocking Overtake liste. Hvem truer vi, hvem er vi truet af.

F@H 3. part utils.
PizzaKings F@H Service Installer - nem installation af F@H som service, også på multi-CPU maskiner.
Electron Microscope - Program der grafisk fortæller hvad ens klient(er) laver.
FahMon - For hurtig oversigt over dine igangværende workunit(s) med pointvisning og forventet tid tilbage.

Fora:
newz.dk Folding@Home forum
Officiel F@H forum.